2006年1月1日，根据福建省政府决定，厦门湾内厦门市所辖的港区与漳州市所辖的后石、石码、招银三个港区合并组成新的厦门港，成立厦门港口管理局，作为全厦门湾港口、航道和水路运输实施行政管理的交通行政管理部门。厦门港口管理局依据《港口法》的规定，履行漳州三港区招银、后石、石码等港区的港口行政管理职能。

　　由于跨行政区划整合港口在全国尚属首例，一体化管理不可避免地存在一些问题，货物单证不统一一直困扰招银、后石、石码港区，颇让船方、货主费解，也为进出三港区的船舶带来不便。此外，一湾两港也带来了重复签证和重复收费弊端，增加船舶在港滞留时间和船方营运成本。此次交通部下文确认，为统一厦门港进出口货物单证、降低船公司运营成本，提高厦门港综合竞争能力创造了有利条件。